A fasori református gyülekezet Kovács Emil (1868–1922) templomépítő lelkész halála után Szabó Imrét választotta az egyházközség élére. A gyülekezetépítés megkezdése a református hitéletet vallók lélekszámának felmérésével kezdődött, amelyet egy tizenkét kérdést tartalmazó egyháztagsági törzslap kitöltése eredményezett. Ebben a munkában hetven-nyolcvan munkatárs vett részt, segítséget nyújtva a lelkipásztornak  a 4000-5000 család megkeresésében. Az 1923. év végére 3100 kitöltött kérdőív érkezett vissza a lelkészi hivatalba. A gyülekezetet felmérő munka átnyúlt az 1924. évre is. Ekkor már lehetőség nyílt lakhely szerint felosztani a híveket, és statisztikai következtetéseket is megfogalmazni. A családlátogatások és szeretetvendégségek által közvetlenebb kapcsolat alakult ki a lelkész és a gyülekezeti tagok között. A presbitereknek a gyülekezeti élet szervezésébe való aktívabb bevonása érdekében Szabó Imre presbiteri konferenciákat és különböző továbbképzési lehetőségeket szervezett. Az 1926-os év a Julianna Református Elemi Iskola megnyitása miatt volt nevezetes a fasori egyházközség életében. Ugyanebben az évben Mi Atyánk címmel nyomtatásban megjelentek Szabó Imrének az 1926. októberi és novemberi hónap folyamán elmondott igehirdetései a jézusi imádságról. Írói képességét kamatoztatva 1925-ben elvállalta a Budapesti Református Egyházközség közlönyének szerkesztését, melynek során több lelkésztársával is együtt dolgozott. A Fasorba kerülése után szinte „gyülekezeti lappá” fejlesztette a Budapesti Református Egyházközség újságját, az Egyházi Értesítőt, amelybe rendszeresen írt vezércikkeket.


Szabó Imre nemcsak a fasori gyülekezet lelkészeként végzett áldott szolgálatot a Magyarországi Református Egyházban. Nevéhez fűződik a Budapesti Református Egyházmegye megalapítása, amely egy csaknem 150 éves folyamatnak a fordulópontja volt. Ehhez fogható esemény csak magának a Pesti Református Egyházközségnek a megalapítása volt 1796-ban.

A fasori gyülekezet teljes jogú anyaegyházközséggé 1932. január 1-jével vált, Budapest-Vilma Királyné Úti Református Egyházközség néven. Szabó Imre esperes-lelkipásztor ösztönzésére az egyházközség saját újságot adott ki 1932 és 1948 között Fasori Harangszó címmel. Ettől az évtől, 1932-től lett az egyházközség főgondnoka Tasnádi Nagy András (1882–1956), akivel Szabó Imre az 1930-as években jó munkatársi viszonyt alakított ki, amit jól példáz, hogy 1936-ban Tasnádit választották a Budapesti Református Egyházmegye gondnokává. Szabó Imrének kapcsolata Tasnádi Nagy Andrással a II. világháború éveiben politikai, humanitárius és magánéleti kérdésekben alkotott erős ellentétek miatt megromlott. A következő évben a fasori gyülekezet az esperes-lelkipásztor javaslatára saját pecsétet, címert választott, amelyre a Mózes második könyvében leírt égő csipkebokor rajza került.

Az egyházközség számára az 1930-as években a legfontosabb változást jelentette, hogy 1938-ra megszervezésre került a második lelkészi állás, amelyre Dobos Károly (1902–2004) kapott meghívást. Dobos gyülekezeti szolgálatba állásával Szabó Imre erejének jelentős részét esperesi feladataira tudta fordítani, de így is minden második évben vállalta, hogy a konfirmációs vizsgára felkészíti az egyházközség ifjait.



A Budapesti Református Egyházmegye a világháború alatti években nagy építkezésbe fogott, és megépítette a Lónyay Utcai Református Gimnázium monumentális épületegyüttesét. Szabó Imre fő feladatának tekintette a korszerű iskola megvalósítását, és ezért minden idejét és kapcsolatát bevetette, hogy a nehézségek ellenére befejezzék az építkezést. Az anyagárak emelkedése miatt az eredetileg tervezett költségnél 50 százalékkal többe került az épület. A magyar állam és a székesfőváros adott 40 000-40 000 pengő adományt, de így is 700 000 pengő hiány maradt fenn. Az országos gyűjtésnek köszönhetően 1943. október 31-én ünnepélyes keretek között sor került az épület átadására.

Szabó Imre a Budapesti Református Egyházmegye közgyűlésén 1944. június 16-án a félévet értékelő jelentésében részletesen kitért a fővárost  és az egyházmegye híveit ért megpróbáltatásokra. Elmondása szerint a hívek jelentős része vidékre menekült, az iskolákat április közepén bezárták, a konfirmációi és hittan-előkészítés elmaradt, a bibliaórák és  más vallási alkalmak megtartása is időnként nehézségekbe ütközött.Az április óta egyre gyakoribbá váló bombázások következtében a templomba járók száma csökkent, a Baár-Madas Református Leány Gimnázium és a Julianna Református Elemi Iskola épületében hadikórház működött, a Skót Misszió iskolájában zsidó munkaszolgálatosok kerültek elhelyezésre, a Lónyay utcai gimnázium egy részét hadiüzemi irodai helyiségek céljára foglalták le.

A pünkösd előtti héten az evangélikus gyülekezetekkel közösen Budapest harminckét protestáns templomában megtartották az egyhetes evangelizációs alkalmakat, amely a tékozló fiú példázatát vette alapul. A jelentés végén Szabó Imre tiltakozását fogalmazta meg a zsidók gettóban való elkülönítése és a deportálások ellen: „...Ma minden hivatalos nyilatkozatában és tagjaiban keresztyén és nemzeti kormányzathoz emeljük kérő szavunkat, hogy a zsidókérdést, melyet meg kell oldani, a keresztyén államban keresztyéni alapon oldja meg. Vegyen igénybe vagyont és munkaerőt. Hiszen, ha a legdrágább: az ifjúság élete a haza oltárára kerül, hogyne kellene érte mindet odaadni, ami mulandó. De szüntesse meg azt a rémületet, ami ma már a nemzet lelkében tesz kárt s elhíresztelésével az emberiség lelkiismerete előtt a magyar néven bosszulja meg magát. Hallgasson a kormány az egyház kérő szavára! Aki politikailag veszélyes, azt tartsa őrizet alatt. Öregekhez, betegekhez, asszonyokhoz és gyermekekhez legyen kíméletes és a megkeresztelt egyéneket ne különítse el és szorítsa vissza a zsidóságba. Keresztyén államban a keresztyén egyháznak hangot kell adni a lelkiismeret szavának, mert különben méltatlanná válik az Isten igéje hirdetésére. A keresztyén államnak hallgatni kell az egyház szavára, amint a keresztyén egyház is szív szerint engedelmeskedik a keresztyén állam törvényeinek. A nemzet belső harmóniája csak így van biztosítva...” A nyilasok hatalomátvétele után a fasori egyházközség élete is megváltozott, a zsidó és keresztény házastársakat egymástól szétválasztották. A zsidó feleknek a számukra kijelölt helyre kellett vonulniuk.

A Julianna iskolában a II. világháború ideje alatti bombatalálat után az oktatást az 1943–44. tanévben be kellett fejezni. Ide rendezkedett be a katonai kórház, mely 1944. október közepén itt is maradt. Szabó Imre lelkipásztor ekkor felkereste a svéd nagykövetséget azzal a kéréssel, hogy az iskola épülete kerüljön svéd védnökség alá. Így sikerült az alagsorban kialakítani egy helyiséget, amely a zsidó gyerekek rejtekhelyéül szolgált. Menedéket nyújtott továbbá családok és felnőtt zsidók számára, de hadifogoly katonák is elbújhattak itt. A bújtatások miatt a háború végéig számítani kellett a nyilas razziákra, és időnként retorziókra is sor került.Az üldözöttek mentését nehezítette, hogy Jánosi Dezső, a fasori gyülekezet egyházfija a Nyilaskeresztes Párt tagjaként bármikor jelenthette az általa észlelteket. Szabó Imre 1944. október 18-án Balatonboglárról családját hazahozta Budapestre, így az egyre súlyosabbá váló helyzetben már együtt tudtak az Úrhoz fohászkodni. Dobos Károly a Bajza utcai szolgálati lakása alatti pincében bújtatott több zsidót, katonaszökevényt és politikai üldözöttet. Az 1944. évi karácsonyi istentisztelet alatt kint az utcán dörögtek az ágyúk. 1945. január 1-jén megsérült a templom hátsó részén a vízcsatorna, és találat érte a tornyot, aminek következtében egy leszakadt kő a templom palával fedett részére esett, és ott lyukat vágott. Január 2-án a legerősebb légitámadás érte Budapestet, a templom üvegablakából hármat behorpasztott. Aznap a harcok közepén fél kilenckor és tíz órakor is tartottak istentiszteletet, ahol az utóbbin Szabó Imre Dobos Károly helyett szolgált, aki a nagy harcok miatt nem tudott eljönni az alkalomra. A 61. zsoltár 1–6. versei alapján „szárnyaidnak árnyékában” címmel kaptak biztatást a hívek a nehéz percekben.

Az ostrom során, 1945. január 3-án este a templom kertjében a németek elesett katonákat temettek el. Január 6-án a három német katona sírját társaik katonai keresztekkel jelölték meg, amelyet követően Szabó Imre a Miatyánk és egy áldás német nyelvű elmondásával rövid temetési szolgálatot végzett, megadva ez által az elesett német katonáknak is a végtisztességet. Aznap este egy újabb találat érte a templomot, a keletkezett tűz a tetőzetet veszélyeztette. Szabó Imre családja és a szomszédok segítségével megtalálta a tűzfészket, és gyors közbeavatkozásukkal megelőzték a tűz elterjedését. A történteket követően a lelkipásztor szívében a következő hálaadó imádság fogalmazódott meg: „Atyám, a te házad nem lett tűz martaléka, s a megmentésében engem is eszközül használtál. Áldassék szent neved őrökké e templomban! Sokan találják meg benne az Életet, a Tebenned való életet, mert csak az az élet. Ámen.” 

A nagy harcok miatt 1945. január 14-én elmaradt a vasárnapi istentisztelet. Ez a templom történetében egyedüli ilyen vasárnapi alkalom volt. A következő vasárnap, január 21-én már megtartották az istentiszteletet, amelyen a hívek a körülményekhez  képest szép számmal vettek részt. Szabó Imre Noé történetét vette prédikációja témájának. A templom tetejének helyreállítására 1945 februárjában már megtörtént. A II. világháború alatt megmentettek nevében Frenkel Andor és  Busa Józsefné Frenkel Márta 2002-ben emléktáblát készíttettek Szabó Imrére emlékezve. Az izraeli Jad Vasem Intézet 1994-ben Dobos Károlynak és feleségének, 2003-ban Szabó Imre esperesnek, feleségének és Éva lányának a „Világ Igaza” kitüntetést ítélte oda.


Ravasz László utóda, Bereczky Albert (1893-1966) Dunamelléki püspök a politikai hatalom elvárásának eleget téve 1950. december 12-én kiadta a Testvéri Izenet című körlevelét, amelyben leírta: „A régi, nemegyszer évtizedes megszokásban gyökerező és a beletartozókra sok áldást jelentő együttlét, az ú. n. közösség egészen bele kell épüljön a »test«-be, a magyar református egyház szerves és szervezett életébe. Nem maradhat meg tehát semmiféle formában feloszlott egyesületek volt tagjainak külön összejövetele, vagy bárminő külön munkája.”A körlevél által a lelkészek felszólításban részesültek, hogy a hagyományos gyülekezeti alkalmakon kívül számoljanak fel minden más közösségi együttlétet. Az 1950-es évek elején elkezdődtek a politikai okokból végrehajtott kitelepítések. A fasori gyülekezet több tagját is érintette az állami szervek által végrehajtott intézkedéssorozat.
A vidékre kerültek nehéz helyzete indította Szabó Imre javaslatára a híveket, akik élelmiszercsomagokat állítottak össze és juttattak el a rászorulóknak. Az egyházi vezetés 1951 végén Szabó Imre esperes iránt kifejezte bizalmatlanságát, amelyet személyes megbeszélés alkalmával, az évek során összegyűlt sérelmek felsorolásával támasztottak alá. Az Állami Egyházügyi Hivatal akaratát képviselve 1951. november 26-án a Dunamelléki Református Egyházkerület vezetői a következőképen szóltak Szabó Imréhez: „Kiss Roland odahajolt hozzám és azt mondta, le kell mondanod egyházadért, és nekünk is szükségünk van rá, hogy lemondj, a mi tekintélyünkért, mert mi vállaltuk, hogy elintézzük lemondásodat. Bereczky bejövet újból hangoztatta, hogy az egyház érdekében teszem, ha lemondok... Mindenképpen rajta voltak, hogy kiszorítsanak belőlem egy beleegyezést.” Családjára gondolva Szabó Imre esperes kénytelen volt engedni a nyomásnak, elfogadta, és elindult a számára Istentől kijelöltnek tekintett útra. 1951 végén lemondásra kényszerítették Szabó Imrét nem csak az esperesi, hanem a fasori lelkipásztori tisztségéről is, a gyülekezet és a presbitérium hiába állt ki mellette egy emberként. A Szabolcs-Szatmár-Bereg megyei Buj községbe helyezték lelkipásztornak. 1952. január 1-jén naplójában így fogalmazott „Édesatyám, nem félek elindulni, mert a kezed fogom. Azt mondtad ezen a reggelen háromszor is, hogy »a világon nagy nyomorúságom leszen«, »nem nagyobb a szolga az ő uránál« s azt is: »ti szomorkodtok, mint az asszony, mikor szül, mert eljött az ő órája«. De azt is ígérted: »A ti szomorúságotok örömre fordul.« Hadd maradhassak meg abban, amire eljuttattál. " Buji szolgálatát 1954 év adventjéig folytatta. Betegsége miatt befeküdt a debreceni klinikára, ahol megműtötték, de már nem tudott felépülni. 1955. január 27-én hunyt el. Az óbudai temetőben legalább ötezer ember kísérte utolsó útjára a szeretett lelkipásztort, esperest. Barátja, Ravasz László volt püspök végezte a temetési szertartást a János evangéliuma 14,16−19. versek alapján. „Én élek és ti is élni fogtok” hangzott el mindenki számára a vigasztaló Ige.
Nagyon szép feladatot kaptam, amikor gyülekezetünk legújabb kori történetét írhatom. Én magam kértem ezt, mint akit Isten elhívott a gyülekezet utolsó csaknem 20 esztendejének lelkipásztori vezetésére. Rajtam kívül másokat is elhívott, és beállított az Úr gyülekezetünk ébredésének szolgálatába. Czakó Jenő, a háború utáni magyar lelki ébredés egyik meghatározó evangélistája, mint az egyháztörténet teológiai magántanára így fogalmazta meg látását: Egyháztörténetet lehet úgy is írni, hogy valaki épületekről, püspökökről, kiemelkedő eseményekről ír. De lehet úgy is, hogy valaki a Jézus Krisztusban való élő hit nyomvonalát írja meg. Ekkor az ébredések történetét követjük, amely az igazi egyháztörténet. Osztom az általam is ismert és tisztelt lelkipásztor véleményét. Hiszem, hogy így értjük meg igazán ennek a 20 évnek Istentől adott nagy ajándékát.

Döntőnek tartom, hogy amikor lassan két évtized után a „fasori missziói bázisra” tekintünk, ahol több száz élő hitre jutott testvérünk szolgál rendszeresen a széles gyülekezeti mezőn, mindenért egyedül Istennek adjunk dicsőséget! Ő hívott el bennünket, szolgáló csapatot! Neki tetszett, hogy a főváros központi nagy templomában – amelyet sok műértő ma is Közép-Európa egyik legszebb protestáns templomának tart – minden akadályoztatás nélkül hangozzék a megtérés, újjászületés evangéliuma! Ő az egyedül, aki a gyülekezet külső-belső életében csodák egész sorozatán át hordozott bennünket! Ő adott akkor is utat, amikor rendre elakadtunk, s magunk sem tudtuk, hogyan tovább! Ő szólított meg sokakat, és vezetett élő hitre azok közül is, akik nagyon messziről, egészen a világból érkeztek, minden vallásos előélet nélkül!